免疫性流产包括有同种免疫紊乱和自身免疫异常。同种免疫紊乱的排查需要做封闭抗体等检查，假如封闭抗体呈阴性，则表明母体不能产生对胚胎有保护性的"封闭抗体"，胚胎将会受到母体免疫细胞的攻击而容易发生停育；自身免疫异常通过检查母亲体内抗体如抗磷脂抗体、抗精子抗体，抗孕激素抗体，抗雌激素抗体等。

解剖因素造成习惯性流产主要包括以下几个方面：宫颈机能不全、子宫发育畸形（如子宫纵隔、单角子宫、双角子宫、鞍状子宫等）、子宫肌瘤或腺肌瘤、宫腔粘连等。诊断主要依靠超声、宫腔碘油造影、宫腔镜、腹腔镜、宫颈扩张器等检查。

从生殖医学来讲，导致流产的内分泌异常包括妇科内分泌和内科内分泌异常。常见的内分泌异常具体为：黄体功能不全、高催乳素血症、多囊卵巢综合征、糖尿病和甲状腺功能异常等。生殖医生需要通过面诊的个体体征来定位如基础体温测定（BBT）、子宫内膜活检、激素测定、血清泌乳素（PRL）测定等检查来进行科学的确诊。

目前遗传检查做得比较多的是夫妇染色体检查，基因检查相对困难一些，所有患者都要进行染色体检查。

血栓前状态的诊断需要对患者凝血功能进行检查，凝血功能检查相当复杂，目前能做的检查还只是凝血功能全貌的冰山一角，加上凝血功能检查费用较高，目前医院开展的检查项目还比较有限。

虽然感染因素不是造成习惯性流产的直接原因，但习惯性流产患者生殖道各种各样的感染阳性率很高，达50%左右。必须在再次怀孕前对生殖道进行有关病原体方面的检查，了解有无微生物感染，并给予相应的治疗。